Одной из главных угроз диоксинов является их воздействие на экосистемы. Эти вещества способны накапливаться в водоемах, почве и растительности, оказывая разрушительное воздействие на флору и фауну. Поступая в водные экосистемы, они оседают в донных отложениях, где их поглощают микроорганизмы. Рыбы, питающиеся этими организмами, становятся источником накопления токсинов. Постепенно диоксины поднимаются по пищевой цепи, оказывая негативное влияние на хищных рыб, птиц и млекопитающих.
Особенно опасно накопление этих соединений в водных экосистемах, где их концентрация может существенно превышать безопасные уровни. В связи с этим в развитых странах ведутся активные работы по разработке систем очистки сточных вод и контролю за выбросами на предприятиях, занимающихся уничтожением мусора.